Air Nigeria wurde im Juli 2018 als Nachfolger der Fluggesellschaft Nigeria Airways gegründet, welche bis 2004 existierte. 2004 wurde die Airline durch den Staat und die britische Fluggesellschaft Virgin Atlantic unter dem Namen Virgin Nigeria neu gegründet. Die Virgin Group, ein Mischkonzern des Eigentümers Sir Richard Branson mit Sitz in London, hielt neben einer 49%-igen Beteiligung an Virgin Nigeria auch Beteiligungen an verschiedenen Unternehmensbereichen. Neben der Luftfahrtbranche zählten dazu auch die Musik- und Mobilfunk-Branche.

Anfang 2009 starteten die letzten Langstreckenflüge nach London und Johannesburg. Im Rahmen einer Neuausrichtung firmierte die Fluggesellschaft von 2009 bis 2010 unter dem Namen Nigerian Eagle Airlines. Sie wurde danach über einen neuen Investor in Air Nigeria umbenannt. 2012 wurde der Flugbetrieb jedoch aus personellen und wirtschaftlichen Gründen eingestellt. Die Fluggesellschaft war hoch verschuldet.

Zur Flotte zählten u. a. ein Airbus sowie acht Maschinen der Firma Boeing. Vom Flugverkehrs-Drehkreuz aus, dem Flughafen Murtala Mohammed International Airport in der Nähe von Lagos, wurden elf nationale sowie einige internationale Ziele angeflogen.

Nigeria nimmt nun einen neuen Anlauf im Flugverkehr. Gespräche mit arabischen und äthiopischen Investoren laufen ebenso, wie Verhandlungen mit Airbus und Boeing. Der Neustart soll im Dezember 2018 erfolgen.

Der für den Flugverkehr zuständige Minister Hadi Sirika gab bekannt, dass die künftig unter dem Namen Nigeria Air operierende Gesellschaft, zunächst mit 15 Flugzeugen an den Start gehen werde. Die Regierung ist dabei bereit mehr als 50% der Anteile an ausländische Investoren zu vergeben.

Tilman Gabriel, ein ehemaliger Lufthansa-Pilot, hat bereits in der Vergangenheit zahlreiche Airlines im Mittleren Osten gegründet, soll in der Anfangszeit den Aufbau der Airline koordinieren.